Das zugrundeliegende GTK+ wurde nun stark erweitert, und einige Libraries von GNOME herausgelöst und in einer neuen GTK+ Version integriert. Hierauf aufbauend erschien im Juni 2002 die GNOME-Version 2.0.
Die GNOME-Version 2.2 erschien im Februar 2003 und beinhaltet wieder sehr viele Verbesserungen besonders bei der Ergonomie und Benutzerführung.
Im September 2003 ist die GNOME-Version 2.4 erschienen. Verbessert wurden vor allem die Nutzungsmöglichkeiten für Behinderte sowie der Dateimanager Nautilus, das Panel und das GNOME-Kontrollzentrum. Ferner wurde Epiphany (ein Fork von Galeon) als Webbrowser integriert.
Im März 2004 erschien die GNOME-Version 2.6. Verbessert wurde vor allem der Dateimanager Nautilus, der neu mit einem Spatial-Interface aufwartet; das heißt, jeder Ordner wird durch ein eigenes Fenster repräsentiert. Auch erfolgte mit diesem Release der Umstieg auf GTK+ 2.4, welches einen neuen Datei-dialog mitbrachte. Der Hilfebrowser Yelp erfuhr auch einige Verbesserungen, vor allem in Sachen Geschwindigkeit.
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